SIBBM
Società Italiana di Biofisica e Biologia Molecolare
The Italian Society of Biophysics and Molecular Biology
Federica Marasca si è laureata in Genetica e Biologia Molecolare presso l’Università degli Studi di Roma “La Sapienza” nel 2011. Ha conseguito il dottorato di ricerca in Biologia Cellulare e Molecolare presso l’Università degli Studi di Roma “Tor Vergata” nel 2016, lavorando presso il laboratorio del Dr. Orlando a Roma, nel quale ha potuto coltivare il suo interesse per i meccanismi di regolazione e plasticità epigenetica. Dal 2016 ad oggi lavora come Post Doc presso il laboratorio della Dr.ssa Bodega a Milano in INGM, dove si occupa di comprendere le funzioni del “non-coding genome”, ed in particolare degli RNA espressi dagli elementi ripetuti LINE-1, nel regolare l’identità ed i processi di attivazione dei linfociti T umani.
LINE1 enriched chromatin RNAs govern T lymphocytes’ identity and functions
Transposable Elements (TEs) are emerging as key epigenetic molecules involved in cell plasticity and tissue-specific regulation; they represent a prolific source of non-coding regulatory RNAs and 3D genome organizers. However, their specific function in regulating the epigenome in adult cell commitment and differentiation is unexplored yet. Therefore, we are investigating TEs dynamics in human primary T lymphocytes.
We found that T cell subsets show a specific and dynamic pattern of TEs expression, among them LINE1 (L1) are stably chromatin associated RNAs enriched in Naïve CD4+ T cells, that are 3D-organized in chromatin compartments actively transcribed, foreseeing a possible ncRNAs function. Interestingly upon T cell activation, L1 RNAs is quickly downregulated in a TCR dependent manner. To further dissect the novel function by which TEs contributes to the epigenetic, we have generated chromatin enriched RNA – seq datasets from CD4+ Naïve and we are de novo reconstructing L1 containing transcripts in order to identify cell-specific RNAs involved in the observed dynamics. We foresee a regulatory function for L1 containing transcripts in increasing transcriptome complexity.